崇明東灘鳥類國(guó)家級(jí)自然保護(hù)區(qū)是以遷徙鳥類為主要保護(hù)對(duì)象的濕地類型自然保護(hù)區(qū)，位于長(zhǎng)江入?？?，在中國(guó)第三大島崇明島的最東端，它是由長(zhǎng)江攜帶大量的泥沙沉積而成，是長(zhǎng)江口地區(qū)規(guī)模最大、發(fā)育最完善的河口型潮汐灘涂濕地，其南北狹，東西寬，區(qū)內(nèi)潮溝密布，高、中、低潮灘分帶十分明顯，是亞太地區(qū)遷徙水鳥的重要通道。
保護(hù)區(qū)區(qū)域面積為241.55平方公里，約占上海市濕地總面積的7.8%，分為核心區(qū)、緩沖區(qū)、試驗(yàn)區(qū)三個(gè)部分。崇明東灘屬亞熱帶氣候，是東亞季風(fēng)盛行地區(qū)，年平均溫度15.3℃，冬季因三面受水面熱效應(yīng)的影響，氣溫要比崇明島的西部高出1℃，水域不凍結(jié)，非常有利于水禽越冬，所以它成為亞太地區(qū)候鳥遷徙路線上的重要“驛站”和水禽重要的繁殖地、越冬地，也是備受國(guó)內(nèi)外關(guān)注的研究河口科學(xué)問題的理想場(chǎng)所。
保護(hù)區(qū)處于海洋，河流，陸地，島嶼的交匯地帶，生物多樣性極為復(fù)雜與獨(dú)特，盡管灘涂植被比較簡(jiǎn)單，主要有蘆葦，藨草和海三菱藨草組成，但由于生產(chǎn)量大，在灘涂淤積中起著舉足輕重的作用，并為其他生物創(chuàng)造了良好的生存環(huán)境，同時(shí)養(yǎng)育著上海地區(qū)70％－80％的物種。目前，崇明東灘已記錄到的鳥類有17目50科290種。列入《中國(guó)瀕危動(dòng)物紅皮書》的鳥類20種；列入中日、中澳政府間候鳥及其棲息地保護(hù)協(xié)定的鳥類分別為156種和54種；超過世界種群數(shù)量1％的涉禽種類至少有12種。每年在崇明東灘過境中轉(zhuǎn)和越冬的水鳥總量逾百萬只，其中國(guó)家一級(jí)保護(hù)的鳥類有東方白鸛、黑鸛、白頭鶴、白尾海雕4種；國(guó)家二級(jí)保護(hù)動(dòng)物35種，如黑臉琵鷺，小天鵝，灰鶴，鴛鴦，小杓鷸，小青腳鷸等。在崇明東灘主要有四種類型的鳥群，它們分別是鸻鷸類，雁鴨類，鶴類群和鷗類群。
根據(jù)10余年的調(diào)查，尤其是1996－1998年連續(xù)三年北遷涉禽和越冬水禽調(diào)查表明，崇明東灘是候鳥遷徙路線上的重要驛站，同時(shí)崇明東灘又是白頭鶴，小天鵝等珍稀水禽的重要越冬地，其中國(guó)家一級(jí)保護(hù)鳥類白頭鶴已連續(xù)十余年選擇崇明東灘作為越冬地，數(shù)量達(dá)到130余只。
崇明東灘還是多種生物周年性溯河和降河洄游的必經(jīng)通道，在現(xiàn)有的10種獸類、73種魚類和31種甲殼類當(dāng)中，許多重要種類，如：國(guó)家一級(jí)保護(hù)野生動(dòng)物白暨豚和中華鱘、經(jīng)濟(jì)特產(chǎn)種類大閘蟹和素有“軟黃金”之稱的鰻苗等，還有如泥螺，日本沼蝦，海瓜子，等種類繁多，資源豐富的經(jīng)濟(jì)動(dòng)物，它們的重要生活史，如覓食、繁殖、幼體育肥等都依賴這一特殊水域。崇明東灘現(xiàn)已查明的物種還包括兩棲爬行動(dòng)物16種、軟體動(dòng)物21種、環(huán)節(jié)動(dòng)物13種、昆蟲73種。
保護(hù)區(qū)大事記：
1992年，國(guó)務(wù)院10部委制定的《中國(guó)生物多樣性保護(hù)行動(dòng)計(jì)劃》將崇明東灘列入優(yōu)先保護(hù)序列；
1998年，保護(hù)區(qū)經(jīng)上海市人民政府批準(zhǔn)建立；
1999年4月正式設(shè)立保護(hù)區(qū)管理處，現(xiàn)隸屬于上海市綠化管理局（市林業(yè)局）；
1999年7月，崇明東灘被濕地國(guó)際亞太組織接納為“東亞——澳大利西亞遷徙涉禽保護(hù)區(qū)網(wǎng)絡(luò)”成員單位；
2002年1月，保護(hù)區(qū)及毗鄰的84平方公里人工濕地被列為國(guó)際重要濕地；
2005年7月，經(jīng)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)晉升為國(guó)家級(jí)自然保護(hù)區(qū)；
2005年11月，中國(guó)野生動(dòng)物保護(hù)協(xié)會(huì)授予全國(guó)的12個(gè)“中國(guó)鳥類之鄉(xiāng)”中，崇明榮獲“白頭鶴之鄉(xiāng)”之美譽(yù)。
2006年10月，由國(guó)家林業(yè)局授牌，列入全國(guó)首批51個(gè)國(guó)家級(jí)示范自然保護(hù)區(qū)。