馬爾康縣位于自治州中部。東與紅原、理縣交界，南與金川、小金相鄰，西與壤塘接壤，北與紅原、阿壩相連。地理座標，北緯30°35'～32°24'、東京101°17'～102°41'。東西長134公里，南北寬90公里，面積6632.73平方公里。地處四川盆地西北部，青藏高原東部，邛崍山脈北段，屬高原峽谷區(qū)。

地形呈不規(guī)則長方形，地勢由東北向西南逐漸降低。位于北東走向的龍門山、北西走向的鮮水河斷裂帶及松潘地塊交匯地區(qū)。地質構造復雜，地層多為三迭系砂巖、板巖和變質巖等。境內最高峰海拔達5000米左右，最低谷地海拔在2300米左右。山嶺連綿，溝谷陡峻，梭磨河由縣東部入境，在熱腳和腳木足河交匯，境內流長91公里。茶堡河發(fā)源梭核磨鄉(xiāng)北部大青坪，由東向西在龍頭攤匯入腳木足河，長67公里。腳木足河（麻爾曲河和草登河）源于青海省班瑪縣境內，由阿壩縣入西北境，于可爾因與杜柯河匯合后經黨壩入金川縣境，境內流長124公里。

區(qū)內屬高原大陸季風氣候，主要氣候特征為：干雨季明顯，四季不分明，大部地區(qū)無夏，日照充沛，溫差較大，干季大風日多。全年平均氣溫 8～ 9°C，年降雨量753毫米左右，日照達1500小時以上，絕對無霜期120天左右。土壤主要為山地灰褐土、山地棕壤土、山地褐色土、山地棕褐土、山地高山草甸土等。 古為冉隴之地。秦屬湔氐道轄地。兩漢隸汶山郡。唐、宋曾屬羇糜32州。元隸吐蕃宣慰司。明永樂年間屬雜谷安撫司。清乾隆時屬理番直隸廳，嘉慶時屬雜谷直隸廳。民國屬理番縣（理縣）。

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